微生物学是我校生物工程专业2023级必修的一门专业基础课程、主要课程和产教融合课程，也是生命科学、食品科学、环境科学、海洋科学、农学等学科专业考研的一门专业课程。
本课程采用线上线下混合和产教融合教学方式，课程教学内容以微生物在工业发酵、医药卫生、生物工程和环境保护领域内的应用为主线，讲授微生物的纯培养和显微镜技术；微生物细胞的结构与功能、营养、代谢、生长繁殖及其控制；病毒；微生物的遗传、基因表达的调控、生态；微生物的进化、系统发育与分类鉴定、感染与免疫，共12章。
课程坚持以学生为中心，按照“任务驱动-互动探究-高阶挑战”的教学模式，设计线上线下混合和产教融合教学体系。（1）线上线下学时：依据课程教学大纲，结合生物工程专业学生的学习基础，设计线上教学24学时；考虑到本课程属基础性课程，涉及重点难点问题较多，设计线下教学48学时。（2）线上教学内容：学生利用线上提供的教学课件、教学视频和阅读资料，按照教师布置的任务要求，自主完成相应知识点的学习；教师通过即时答疑、互动交流，跟踪监督学习过程。（3）线下教学内容：线下课堂教学以项目化教学为主，教师除了帮助学生巩固基础知识外，主要通过科研或者工程项目案例的讲授、讨论，推动互动探究式学习，帮助学生理解和把握课程中的难点与重点问题。（4）线上线下交叉：线上线下教学相互交叉，互为支撑。学生在任务驱动下学习基础理论，在项目化教学的互动探究中把握重点难点，并在此基础上开展学科竞赛、“双创”活动，提升课程高阶性、创新性和挑战度。
本课程主要特点或亮点如下：（1）坚持立德树人，促进知识教育、能力培养与价值引领的统一。按照微生物在工业、农业、环境等领域的应用特点，结合江苏沿海滩涂保护与绿色发展，在项目化教学中找准“课程思政”的切入点，将盐城红色文化与绿色发展理念融入课程教学全过程。（2）产教融合，强调应用，构建了面向行业科技创新与企业生产实际的课程教学内容。将微生物应用领域的最新设备、技术和工艺融入课程教学，注重知行合一，教学内容更加契合生物工程专业的应用型人才培养定位。（3）形成了“任务驱动-互动探究-高阶挑战”混合式教学模式。注重线上线下教学相互交叉，互为支撑，通过数字化赋能、项目化教学，提升了课程的高阶性、创新性、挑战度，促进学生的探究性、互动式学习。
1.1微生物的类群、特点和微生物学分科
1.1.1微生物和你
1.1.2微生物学概述
1.2微生物学的发展与应用
1.2.1微生物的发现和微生物学的发展
1.2.2 20世纪的微生物学
1.2.3 21世纪微生物发展的特点的趋势
微生物的纯培养和显微镜技术——2.5学时
2.1微生物的分离和纯培养
2.1.1无菌技术
2.1.2用固体培养基获得纯培养
2.1.3用液体培养基获得纯培养
2.1.4单细胞（孢子）分离
2.1.5选择培养分离
2.2显微镜和显微技术
2.2.1显微镜的种类和原理
2.2.2显微观察样品的制备
2.3 显微镜下的微生物
2.3.1细菌和古菌
2.3.2真菌
2.3.3藻类
2.3.4原生动物
微生物细胞的结构与功能——3学时
3.1 原核微生物
3.1.1细胞壁
3.1.2细胞壁以内的构造
3.1.3细胞壁以外的构造
3.2 真核微生物
3.2.1细胞壁
3.2.2细胞壁以内的构造
3.2.3细胞壁以外的构造
3.2.4原核与真核微生物形态和结构的比较
微生物的营养——1.5学时
4.1微生物的营养要求
4.1.1微生物细胞的化学组成
4.1.2营养物质及其生理功能
4.1.3微生物的营养类型
4.2培养基
4.2.1配制培养基的原则
4.2.2培养方法（补充）
4.2.3培养基的类型及应用
4.3营养物质进入细胞
4.3.1扩散
4.3.2促进扩散
4.3.3主动运输
4.3.4膜泡运输
微生物的代谢——2.5学时
5.1微生物产能代谢
5.1.1异养微生物的生物氧化
5.1.2自养微生物的生物氧化
5.1.3能量转换
5.2微生物耗能代谢
5.2.1细胞物质的合成
5.2.2其他耗能反应：运动、营养物质运输和生物发光、产能代谢与耗能代谢的联系
5.3微生物代谢的调节
5.3.1酶活性调节
5.3.2分支合成途径调节
5.4微生物次级代谢与次级代谢产物
5.4.1次级代谢与次级代谢产物
5.4.2次级代谢的调节
5.4.3与细菌分类鉴定相关的次级代谢产物（补充）
微生物的生长繁殖及其控制——2.5学时
6.1细菌的个体生长与同步生长
6.1.1微生物的个体生长
6.1.2微生物的同步生长
6.2微生物生长的测定
6.2.1计数法
6.2.2重量法
6.2.3生理指标法
6.3细菌的群体生长繁殖
6.3.1生长的规律
6.3.2生长的数学模型
6.3.3连续培养
6.3.4繁殖方式与培养特征
6.4真菌的生长繁殖
6.4.1丝状真菌的生长繁殖
6.4.2酵母菌的生长繁殖
6.4.3原核与真核微生物生长繁殖的比较
6.5环境对微生物生长的影响
6.5.1营养物质
6.5.2水活度
6.5.3温度
6.5.4 pH
6.5.5氧气
病毒——2学时
7.1病毒概述
7.1.1病毒的定义
7.1.2特点和种类
7.1.3病毒的宿主范围
7.1.4病毒的分类和命名
7.2病毒学研究的基本方法
7.2.1病毒的分离与纯化
7.2.2病毒的测定
7.2.3病毒的鉴定
7.3毒粒的性质
7.3.1毒粒的形态结构
7.3.2毒粒的化学组成
7.4病毒的复制
7.4.1病毒的复制周期
7.4.2病毒感染的起始
7.4.3病毒大分子的合成
7.4.4病毒的装配与释放
7.5病毒的非增殖性感染
7.5.1非增殖性感染的类型
7.5.2缺损病毒
7.6病毒与宿主的相互作用
7.6.1噬菌体感染对原核细胞的影响
7.6.2病毒感染对真核细胞的影响
7.6.3机体的病毒感染
7.7亚病毒因子
7.7.1类病毒
7.7.2卫星病毒
7.7.3朊病毒
微生物的遗传——3.5学时
8.1遗传的物质基础
8.1.1 DNA作为遗传物
8.1.2 RNA作为遗传物质
8.1.3朊病毒的发现和思考
8.2微生物的基因组结构
8.2.1大肠杆菌的基因组
8.2.2酵母菌的基因组
8.2.3詹氏甲烷球菌的基因组
8.2.4泛基因组
8.2.5宏基因组及宏基因组学
8.3质粒和转座因子
8.3.1质粒的分子结构
8.3.2粒的主要类型
8.3.3质粒的不亲和性
8.3.4转座因子的类型和分子结构
8.3.5转座的遗传学效应
8.4基因突变及修复
8.4.1基因突变的类型及其分离
8.4.2基因突变的特点
8.4.3基因突变的分子基础
8.4.4 DNA损伤的修复
8.5细菌基因转移和重组
8.5.1细菌的接合作用
8.5.2细菌的转导
8.5.3细菌的遗传转化
8.5.4基因组测序
8.6真核微生物的遗传学特性
8.6.1酵母菌的接合型遗传
8.6.2酵母菌的质粒
8.6.3酵母菌的线粒体
8.6.4丝状真菌的准性生殖
8.7微生物育种
8.7.1诱变育种
8.7.2代谢工程育种
8.7.3体内基因重组育种
8.7.4 DNA混编技术
8.8微生物的保藏技术（补充）
8.8.1基因工程技术
8.8.2菌种保藏技术
微生物基因表达的调控——1学时
9.1转录水平的调控
9.1.1操纵子的转录调
9.1.2分解代谢物阻遏调控
9.1.3细菌的应急反应
9.1.4通过δ因子更换的调控
9.1.5信号转导和二组分调节系统
9.1.6 λ噬菌体溶原化和裂解途径的转录调控
9.2转录后调控
9.2.1翻译起始的调控
9.2.2 mRNA的稳定性
9.2.3罕用密码子和重叠基因调控
9.2.4反义RNA调控
9.2.5翻译的阻遏调控
9.2.6 ppGpp对核糖体蛋白质合成的影响、细菌蛋白质的分泌调控
9.3古菌的转录调控和细菌的群体感应调节
9.3.1古菌的基本转录装置
9.3.2古菌的转录调控
9.3.3细菌的群体感应调节
微生物的生态——1学时
10.1生态环境中的微生物
10.1.1种群生物间的关系
10.1.2不同生境下微生物的分布
10.2微生物在生态系统中的地位与作用
10.2.1生态系统中微生物的角色
10.2.2微生物与生物地球化学循环
10.2.3微生物的生物修复
10.3微生物与环境保护
10.3.1微生物对污染物的降解与转化
10.3.2微生物对重金属的转化
10.3.3污染介质的微生物处理
10.3.4污染环境的生物修复
10.3.5环境污染的微生物监测
微生物的进化、系统发育与分类鉴定——1.5学时
11.1生物进化计时器
11.1.1生物进化计时器的选
11.1.2 RNA基因作为生物进化的计时器
11.1.3 RNA基因序列与生物进化
11.1.4系统发育树
11.1.5三域生物的主要特征
11.2微生物的分类
11.2.1分类单元及其等级
11.2.2分类单元的命名
11.2.3细菌分类和伯杰氏手册
11.3微生物系统学的研究内容与方法
11.3.1多项分类
11.3.2表型特征
11.3.3化学组分分析
11.3.4 DNA/RNA分子
11.3.5 遗传重组
11.4微生物的快速鉴定与分析技术
11.4.1生理生化鉴定系统
11.4.2脂肪酸组分分析系统
11.4.3快速、自动化的微生物检测仪器与设备
11.4.4现代分了生物学和免疫学技术的应用
11.4.5生物信息学在微生物系统学中的应用
感染与免疫——2.5学时
12.1感染的一般概念
12.1.1感染的途径与方式
12.1.2微生物的致病性
12.2免疫系统的组成
12.2.1免疫器官
12.2.2免疫细胞
12.2.3免疫分子
12.3固有免疫
12.3.1组织屏障
12.3.2固有免疫细胞
12.3.3炎症
12.4宿主的适应性免疫
12.4.1适应性免疫的一般概念
12.4.2抗原和抗体
12.4.3 B细胞介导的体液免疫
12.4.4 T细胞介导的细胞免疫
12.4.5克隆选择和免疫耐受性
12.5抗感染免疫
12.5.1病毒感染与免疫
12.5.2细菌感染与免疫
