课程简介
这门课会讲什么？
随着人类基因组计划的实施完成，我们进入了后基因组时代。结构基因组学、比较基因组学及功能基因组学等为我们提供了大量的分子生物学数据，对这些生物及医学大数据的分析处理就变得尤为迫切。
本课程是我校生物信息学专业的核心课程，也适用于生物学其他专业和计算机、通信、自动化等专业对Linux操作系统应用感兴趣的同学学习。课程讲授生物信息学数据处理基础技术，旨在让学生掌握利用Linux常用命令、Shell编程及Linux下常用的生物信息学工具分析、处理生物学数据。
课程采用翻转课堂教学模式，要求学生在学习过程中通过大量练习掌握Linux操作、VIM编辑器及Shell编程知识，并能用于解决专业中的实际问题。
你将收获什么？
通过本课程的学习，能够了解生物学常用数据及其格式，掌握Linux的基本操作、利用VIM编辑器编写Shell脚本程序，以及利用Linux命令和Shell脚本程序处理具体的生物学数据、解决生物学具体问题。
适合什么人学习？
本课程适用于生物信息学及生物学其他专业，也适用于计算机、通信、自动化等专业对Linux操作系统应用感兴趣的同学学习。生物学专业以外的同学可以只选取其中的Linux部分学习。
课程大纲
课程章节
- 绪论
- Linux常用命令
- VI编辑器
- Shell脚本编程基础
- 应用实例
绪论
1.1 生物信息处理技术概述
1.2 生命中的信息
Linux常用命令
2.1 Linux系统概述
2.2 Linux文件系统
2.3 Linux命令格式
2.4 ls命令
2.5 mkdir命令
2.6 pwd命令
2.7 cd命令
2.8 rmdir命令
2.9 cat命令
2.10 zcat命令
2.11 head与tail命令
2.12 more命令
2.13 less命令
2.14 comm命令
2.15 diff命令
2.16 cp命令
2.17 mv命令
2.18 rm命令
2.19 ln命令
2.20 touch命令
2.21 chown命令
2.22 chmod命令
2.23 locate命令
2.24 find命令
2.25 file命令
2.26 stat命令
2.27 grep命令
2.28 cut命令
2.29 paste命令
2.30 sort命令
2.31 uniq命令
2.32 wc命令
2.33 sed命令
2.34 tr命令
2.35 awk命令
2.36 perl命令
2.37 man命令
2.38 top命令
2.39 ps命令
2.40 kill命令
2.41 sleep命令
2.42 前台后台相关命令
2.43 zip-unzip命令
2.44 gzip-gunzip命令
2.45 bzip2-bunzip2命令
2.46 tar命令
2.47 ssh命令
2.48 scp命令
2.49 wget命令
2.50 curl命令
2.51 ftp-lftp命令
2.52 who-w命令
2.53 date命令
2.54 cal命令
2.55 clear命令
2.56 passwd命令
2.57 time命令
2.58 echo命令
VI编辑器
3.1 VI编辑器简介
3.2 VI进入与退出
3.3 VI的两种模式及其转换
3.4 VI光标移动方法
3.5 VI滚屏及翻页
3.6 VI文本删除命令
3.7 VI文本修改命令
3.8 VI文本复制命令
3.9 VI文本合并命令
3.10 恢复与撤销命令
3.11 重复命令
3.12 组合命令
3.13 VI缓存寄存器
3.14 ex模式
3.15 VI多文件编辑
3.16 常用VI设置
3.17 VI编辑器总结
Shell脚本编程基础
4.1 Shell概述
4.2 命令行编辑
4.3 别名
4.4 Shell特殊字符
4.5 通配符
4.6 引号
4.7 转义符与路径符
4.8 输入输出重定向
4.9 注释和后台命令
4.10 命令组合符
4.11 成组命令
4.12 Shell变量：用户自定义变量
4.13 位置变量
4.14 Shell预定义变量
4.15 环境变量
4.16 算术运算
4.17 Shell控制结构
4.18 判断
4.19 循环
4.20 Shell中的括号
4.21 函数
4.22 进程与作业控制
4.23 Shell内置命令与外部命令
4.24 eval
4.25 exec、source与.命令
4.26 hash
4.27 readonly
4.28 type
4.29 unset
4.30 wait
4.31 Shell脚本调试
应用实例
5.1 Linux在生物信息数据处理中的应用
5.2 实例1：公共数据库数据下载
5.3 实例2：数据格式转换
5.4 实例3：系统发育树构建
5.5 实例4：蛋白质信息分析
